Загальна конфігурація¹⁾ JWM зберігається у файлі /etc/system.jwmrc. Власна конфігурація користувача зберігається у ~/.jwmrc.

<Desktops width="3" height="1">
    <Background type="solid">#100026</Background>
</Desktops>

<Desktops width="3" height="1">
    <Background type="gradient">#59b3d5:#16608d</Background>
</Desktops>

<Desktops width="3" height="1">
    <Background type="image">/usr/share/backgrounds/xfce/xfce-blue.jpg</Background>
</Desktops>

<RootMenu onroot="12">
    <Program icon="terminal.png" label="xTerm">xterm</Program>
    <Menu icon="folder.png" label="Програми">
        <Program icon="vlc.png" label="VLC">vlc</Program>
        <Program icon="galculator.xpm" label="Calculator">galculator</Program>
        ...
    </Menu>
    <Menu icon="applications-office.png" label="Офіс">
        <Program icon="libreoffice-writer.png" label="LibreOffice Writer">lowriter</Program>
        <Program icon="libreoffice-calc.png" label="LibreOffice Calc">localc</Program>
        ...
    </Menu>
    ...
    <Separator/>
        <Restart label="Restart" icon="restart.png"/>
        <Exit label="Exit" confirm="true" icon="exit.png"/>
</RootMenu>

Для того, щоб створити кнопки запуску програм або інших дій на панелі, потрібно до відповідного розділу <Tray> додати опис кнопок у наступному форматі:

<!-- Tray at the bottom. -->
<Tray x="0" y="0" autohide="off" width="1280"  height="32">
    ...
    <TrayButton label="JWM">root:1</TrayButton>                <!-- Покаже головне меню програм -->
    <TrayButton label="_">showdesktop</TrayButton>             <!-- Згорне усі вікна -->
    <TrayButton icon="lilyterm.png">exec:lilyterm</TrayButton> <!-- Запустить обрану програму -->
    ...
</Tray>

<Clock format="%H:%M"><Button mask="123">exec:xclock</Button></Clock>

Для опису комбінацій клавіш, що повинні виконувати певні дії, у JWM використовується поняття модифікатора²⁾. Модифікатори можуть бути такі:

A → Alt
C → Ctrl
S → Shift
4 → Win

<Key mask="A" key="Tab">nextstacked</Key> <!-- Перемикання між вікнами -->
<Key mask="A" key="F4">close</Key>        <!-- Закриття вікна -->
<Key mask="C" key="F#">desktop#</Key>     <!-- Перемикання на стільницю #1, #2, #3, ... -->

<Key mask="C4" key="A">exec:aqualung</Key>                          <!-- Ctrl+Win+A -->
<Key mask="" key="Print">exec:import -window root - | display</Key> <!-- PrtScr -->
<Key mask="C" key="Print">exec:import - | display</Key>             <!-- Ctrl+PrtScr -->
<Key mask="4" key="Print">exec:import - | display</Key>             <!-- Win+PrtScr -->
<Key mask="4" key="G">exec:galculator</Key>                         <!-- Win+G -->

Для перемикання розкладки клавіатури у JWM зручно скористатися самостійною програмою xxkb. Її значок можна помістити у панель JWM, додавши до розділу <Tray> із описом цієї панелі наступний рядок:

<Tray>
...
<Swallow name="xxkb">xxkb</Swallow>
...
</Tray>

При цьому потрібно записати конфігурацію самої xxkb до файлу ~/.xxkbrc. Вона може бути, наприклад, така:

".xxkbrc"

XXkb.controls.two_state: no
 
#XXkb*label.text.1: En
#XXkb*label.text.2: Ru
#XXkb*label.text.3: He
 
XXkb.mainwindow.type: tray
#XXkb.mainwindow.type: normal
#XXkb.mainwindow.type: top
 
XXkb.mainwindow.label.enable: no
XXkb.mainwindow.enable: yes
XXkb.mainwindow.appicon: yes
XXkb.mainwindow.geometry: 32x24+0+4
XXkb.mainwindow.in_tray: true
#XXkb.mainwindow.label.background: yellow
#XXkb.mainwindow.label.foreground: blue4
#XXkb.mainwindow.label.font: -misc-*-r-*-13-*
 
XXkb.button.enable: no

Запускати програму під час запуску JWM можна таким чином:

<StartupCommand>xfce4-notes &</StartupCommand> <!-- Екранні нотатки з Xfce4 -->
<StartupCommand>volumeicon</StartupCommand>    <!-- Значок регулювання гучності -->

http://www.joewing.net/projects/jwm/